对于特定的污水处理系统，当活性污泥系统正常运行时，生物相基本稳定。如果有变化，表明活性污泥的质量发生了变化。应采取进一步的观察和措施。微生物种类繁多，命名方法也十分复杂。从实际出发，操作人员应熟练掌握活性污泥中常见的微生物指示菌：阿米巴、鞭毛虫、草履虫、钟虫、线虫等。这些微生物中是否有一个或多个是占主导地位的，其比例将取决于该过程的运行状态。

水环境中存在过量的氨氮会造成多方面的有害影响：(1)由于NH4+-N的氧化，会造成水体中溶解氧浓度降低，导致水体发黑发臭，水质下降，对水生动植物的生存造成影响。在有利的环境条件下，废水中所含的有机氮将会转化成NH4+-N，NH4+-N是还原力强的无机氮形态，会进一步转化成NO2--N和NO3--N。根据生化反应计量关系，1gNH4+-N氧化成NO2--N消耗氧气3.43 g，氧化成NO3--N耗氧4.57g。(2)水中氮素含量太多会导致水体富营养化，进而造成一系列的严重后果。由于氮的存在，致使光合微生物(大多数为藻类)的数量增加，即水体发生富营养化现象，结果造成：堵塞滤池，造成滤池运转周期缩短，从而增加了水处理的费用;妨碍水上运动;藻类代谢的产物可产生引起有色度和味道的化合物;由于蓝-绿藻类产生的，家畜损伤，鱼类;由于藻类的腐烂，使水体中出现氧亏现象。(3)水中的NO2--N和NO3--N对人和水生生物有较大的危害作用。长期饮用NO3--N含量超过10mg/L的水，会发生高铁血红蛋白症，当血液中高铁血红蛋白含量达到70mg/L，即发生窒息。水中的NO2--N和胺作用会生成亚，而亚是“三致”物质。

生物硝化与反硝化生物硝化和反硝化是利用专性的好氧硝化菌和兼性反硝化菌的联合作用，将水中的氨氮转化为氮气方法。此法是应用广泛的脱氮方式，但是氨氮的氧化过程中需要大量的氧气，所以曝气的费用成为该法的主要开支，为了减少曝气负荷，出现了将氨氮氧化至亚氮即进行反硝化的短程硝化反硝化，其不仅可以减少曝气负荷而且可以节省在反硝化过程中所需的碳源。折点加氯法折点加氯法指投加过量氯或次使废水中氨完全氧化成N2的方法。当通入含氨氮废水时，随着的增加，废水中氨的浓度逐渐降低，到了某一点NH4+的浓度为零，而氯的含量，若继续通入，水中游离氯逐渐增加，所以这一点为折点，在处理时所需要的量取决于温度、PH值、氨氮浓度。化学沉淀法氨氮化学沉淀法是一般指磷酸氨镁（简称MAP）沉淀法，是一种去除高浓度氨氮废水的有效方法，通过添加沉淀剂可以将铵从废水中分离出来，而沉淀物可以回收利用。